蓝痣的发病机制到目前为止，医学研究还没有弄清楚，但从其临床分型看，不同类型的蓝痣其发病机制还是有区别的。

普通型蓝痣(common blue nevus) 真皮黑素细胞数量较多，主要位于真皮中深部，偶或向下延伸至皮下组织或向上靠近真皮乳头层。黑素细胞呈长梭形，似成纤维细胞，含有黑素Dopa反应阳性。真皮网状层有广泛的纤维组织产生，在黑素细胞聚集处，常混杂有不等量成纤维细胞和噬黑素细胞。噬黑素细胞与黑素细胞不同，其胞体较大所含黑素颗粒较粗，无树枝状突Dopa反应阴性。

细胞型蓝痣(cellular blue nevus) 可见普通型蓝痣成分，如色素增深的树枝状突细胞。也常见一些梭形细胞，其胞体较大、核呈卵圆形、胞质丰富，染色淡，黑素极少或缺如。这些细胞常紧密排列成岛状或索条状，周围可见富含黑素的噬黑素细胞。

除普通型蓝痣和细胞型蓝痣外，还有联合型蓝痣(combined blue nevus) 。联合型蓝痣本身可为普通型，也可为细胞型并发的痣细胞，痣可为交界痣皮内痣或混合痣罕为Spitz痣。