小儿肠套叠可以通过注意饮食添加的时间和用量、避免疾病诱因、避免轮状病毒感染来预防。
目前为止肠套叠的发病原因并不是十分明确，所以对于预防也只能提供建议，并不是绝对的方法，因为目前还并没有明确的发病机理。孩子出现肠套叠经常是跟胃肠功能发育不健全有关，如果这时候进行饮食改变，添加辅食时间过早，或者添加量过大，或者肠道出现感染等都可能造成孩子的肠系膜淋巴结增生，造成疾病发作。还有的孩子可能因为回盲瓣的肠系膜固定不完善，移动较大的时候也容易出现肠套叠的情况。所以如果这种原因引起，需要在饮食添加过程中一定要注意时间不宜过早，同时添加量也不要过大。
如果肠道出现感染或者肠系膜淋巴结增生的时候，一定要及时进行治疗，避免诱因出现可能会减少肠套叠的发生。也有研究发现轮状病毒可能与肠套叠有密切的关系，一般在感染肠道病毒后，可能会引起肠蠕动的不协调或者功能紊乱，所以这时候要尽量避免孩子出现轮状病毒感染，也会减少肠套叠的发生。