解剖学中所指的贲门一般位于管状的食管向下延伸处，这属于是囊状的胃壁处的食管胃交界，基本处在食管的下括约肌下缘，向上和食管处是相接续的。一般会处在第11胸椎体的左侧、第7肋的软骨后方，距腹前壁大概10cm，和中切牙相距大概40cm。据食管的下段贲门区被分成壶腹段、切迹段、贲门口、贲门口周边。

在人体的内部，食管跟胃的过渡不容易界定。因为胃黏膜的延伸到食管腹部的程度不一样，一般形成“Z”字形的鳞状上皮和柱状上皮结合的位置，在“Z”线上属于是食管上皮。然后在组织学以及内镜观察中，这个位置一般认为是胃-食管连接缘，接下来给大家说说贲门在哪里。
　　贲门经常被作为胃和食管的分界。一般食管的腹部会在下行的时候急转向左，和贲门相延续。食管的右边跟与胃小弯会相延续，而左缘则和胃大弯连续。通常在解剖方面没有特定的和贲门相关的括约肌。
　　贲门区一般分为以下几个部分。首先是壶腹段：这个属于是食管的下段梭形（囊状）扩大的部分。一般在吞咽钡剂之后会立刻透视或者是照像检查，在食管的下端以及胃食管的前庭上方会看到因为食管的裂孔收缩而成的暂时性的囊状扩张，这个状态被称为膈壶腹。壶腹段属于是独立的功能单位，可以扩张和收缩，膨大像壶腹状是它的主要形态特征，它的功能形态改变既不像中上段食管的蠕动，也和切迹段食管的松紧不一样，一般每一段之间会形成明显的交界。壶腹的大小和形态差异还是存在的，属于返流性食管炎的好发部位。
　　切迹段：属于是胃悬吊纤维肌束导致压迹的所在段食管，通常处在隔下和隔食管裂孔内，由贲门切迹和切迹段食管构成。贲门口：一般在关闭时是点状，开放时呈现面状，一般会表现呈弧形、半圆形、半椭圆形，另外近地壁在吞钡时好像是瀑布一般。贲门口周边：属于是贲门口的周围粘膜构成的贲门星的区域。