胆囊癌的鉴别诊断根据肿瘤的病程而提出不同的要求：

早期的胆囊癌主要与胆囊息肉样病变相鉴别，胆囊癌的直径大多大于1.2cm，蒂宽，胆囊壁增厚。至于胆囊的腺瘤性息肉恶变与良性腺瘤的鉴别则很困难，因考虑胆囊腺瘤是癌前病变，一旦确诊，均应手术切除，故不影响外科治疗决策。国内的胆囊癌患者，约有57％合并胆囊结石，患者常有较长时间的胆道疾病症状，此类患者最容易被忽略，或将胆囊癌所引起的症状用胆囊结石来解释。在鉴别诊断上主要是对老年、女性患者长期患有胆囊结石、胆囊萎缩或充满型结石、腹痛症状加重和变得持续时，均应考虑有胆囊癌的可能，应做深入检查。

晚期胆囊癌需要鉴别的尚有原发性肝癌侵犯至胆囊，在胆囊部位形成一肿块和胆囊出口的阻塞，侵犯胆囊的肝细胞癌可在肝门部和肝十二指肠韧带上发生大块的淋巴结转移，类似晚期胆囊癌时的淋巴结转移。胆囊颈部癌可直接侵犯或通过淋巴转移发生高位胆道梗阻，临床表现类似肝门部胆管癌。有时原有患癌的胆囊已行手术切除，但因各种原因未能取得病理诊断，术后由于肿瘤局部复发和引起肝门部胆管梗阻，会使鉴别诊断发生困难。