一般情况下，膝盖下面长骨头疙瘩的疾病原因主要有三种，分别是软骨瘤、增生性骨关节病、关节囊肿。具体分析如下：

1.软骨瘤：软骨瘤是很常见的一种骨骼疾病，这种疾病在发展初期就会出现小的硬质疙瘩，摸起来很像是骨头。如果软骨瘤生长速度比较快，一般要在医生的指导下进行手术切除。如果生长速度不快，并且平时没有影响到关节功能，那么只要定期复查就可以了。

2.增生性骨关节病：增生性骨关节病也是会引起这种症状的。增生性骨关节病就是骨骼上面多长了一块骨头，如果没有影响到正常的关节功能，也可以保守治疗，平时多注意保暖，不要做剧烈运动就可以了。已经影响到关节功能，那么就需要在医生的指导下进行手术磨除，建议平时尽量不要吃太多含钙量高的食物，不然会加重增生性骨关节病。

3.关节囊肿：膝盖下面的疙瘩疼痛症状较明显，皮肤还有红肿的话，那就可能是关节囊肿。这种情况通常需要在医生的指导下进行穿刺抽液治疗。