怀孕通常指妊娠。一般情况下，妊娠三个月腰疼可能为生理性疼痛，无需治疗，也可能是缺钙、先兆流产等因素导致的，需尽快就医进行治疗。具体分析如下：

1.生理性疼痛：怀孕初期可能出现生理性下腹部轻微疼痛，主要是由于胎盘分泌松弛素，使骨盆、韧带及椎骨间关节韧带松弛，所以部分孕妇会觉得腰骶及肢体疼痛不适。

2.缺钙：孕妇机体内需要的钙，会随着妊娠时间的增长而逐渐增多，如果摄入不足，可引起腰部疼痛、失眠等症状。患者可在医生的指导下使用葡萄糖酸钙口服溶液、碳酸钙颗粒等药物进行治疗。

3.先兆流产：如果除了腰疼之外，还伴有阴道少量流血，就要考虑是否出现了先兆流产的情况。患者可在医生的指导下使用孕康口服液、安胎丸等药物进行治疗。

除以上相对常见原因外，还有其他的可能性疾病，比如肾结石，建议及时就医诊断。