消化不良有很多原因，大体上可以分为“功能性消化不良”和“器质性消化不良”。功能性消化不良是指有反复发作的消化不良症状，但是找不到可以解释这些症状的异常或疾病；器质性消化不良是有明确的病因，去除这些病因之后，消化不良的症状就会消失，常见的病因有：消化性溃疡、胃癌、某些胃炎、肝脏和胆道疾病(如胆囊结石等)、胰腺疾病等。