肠道菌群失调跟菌群本身也有关，在出生后数天就能贴近黏膜表面定植，是长期居住的细菌，成年时仍保持较多数量，与定植部位的上皮有密切联系，如双歧杆菌、厌氧乳杆菌、拟杆菌等；腔菌群又称外籍菌，主要存在于肠腔内，是数量少、不稳定的过路菌，如铜绿假单胞菌、肠球菌、大肠杆菌等。一旦腔菌群的数量增多，就会引发疾病。