益生菌制剂是一类对肝肾功能影响较小、较为安全的制剂，主要应该观察过敏反应，但也有关于一些病人用药后发生菌血症、败血症和胆管炎等不良反应的报道，需要指出的是，没有直接证据确认一定就是益生菌引起了这些感染，因为所报道者均患有潜在的疾病，对于免疫功能缺陷者、抵抗力差的老人需要谨慎使用。