疱疹性咽峡炎和手足口病最大的区别，就是疱疹性咽峡炎的疱疹仅仅出现在口腔内，而患手足口病的大多数孩子先是嗓子里有疱疹，后发展到手脚心，少见于长在手脚背，并伴有发烧。出的疹子一般如小米粒或绿豆大小，周围有发红的灰白色小疱疹或红色丘疹，不痛、不痒、不结痂。另一个重要区别就是，咽峡炎虽然可能合并细菌感染，但是不会出现脑炎等并发症，就是说，几乎不会出现重症、发生生命危险。