很久之前，香蕉有两个祖先，称为尖叶蕉和长梗蕉。目前全世界栽培的香蕉品种大多是它们的杂交后代，其中又以尖叶蕉更为重要。因此基因组测序将针对尖叶蕉开始。香蕉共有１１条染色体，约５至６亿个碱基对，其基因组在植物中是相对比较小的。