卵巢子宫内膜异位囊肿手术方式有：囊肿穿刺术，囊肿开窗术，囊壁剥离，卵巢部分切除术。Jones等认为，囊壁开窗后囊壁剥离是安全有效的手术方法，囊壁彻底切除是预防复发再手术的关键。若分离囊壁有困难，可使用水分离手术，如仍有困难，可切除附着于囊壁上的部分卵巢组织，直到找到正确的分离层。