扁平疣通肠需要进行治疗，通过治疗后可以达到治愈的目的，可以口服免疫调节类的药物，也可以对局部使用抗病毒或者是软膏进行涂抹，促进局部的血液循环。病情比较严重可以通过激光或者是冷冻的方式治疗，还要口服补气益血的药品增强免疫力。