不论是普通人群，还是就诊的肠易激综合征患者，肠易激综合征会和消化不良、胃食管反流病同时出现！。肠易激综合征患者中有31.5％同时符合功能性消化不良的诊断；同样，在功能性消化不良患者中，24.8％同时符合肠易激综合征的诊断。平均37.5％的肠易激综合征患者合并胃食管反流症状。研究显示，与功能性消化不良或胃食管反流合并出现的肠易激综合征具有更加显著的肠道症状和排便异常。