阿莫西林是非常常见的抗生素，所以副作用虽然有，但都不是很严重。主要表现：恶心、呕吐、腹泻及假膜性肠炎等胃肠道反应。皮疹、药物热和哮喘等过敏反应。贫血、血小板减少、嗜酸性粒细胞增多等。血清氨基转移酶可轻度增高。由念珠菌或耐药菌引起的二重感染。偶见兴奋、焦虑、失眠、头晕以及行为异常等中枢神经系统症状。青霉素过敏及青霉素皮肤试验阳性患者禁用。