服用了甲硝唑以后的副作用最严重的为癫痫发作和周围神经病变。后者主要表现为肢端麻木和感觉异常。某些病例长程用药时，周围神经病变持续。其他常见的不良反应主要是胃肠道症状，恶心、呕吐、腹部不适、腹泻、口腔金属味，皮肤上会出现红斑疹、荨麻疹。