肛瘘的形成原因之一有直肠肛管周围脓肿，这是形成肛瘘的最主要原因，95％以上的肛瘘皆由此引起，系由污染粪便滞留肛隐窝产生肛腺炎引起。另外，直肠肛门损伤还可能由由外伤、吞咽骨头、肛门体温表、肛门镜检查等损伤肛管直肠，细菌侵入伤口引起。