在胃镜检查中，本身患有严重心脏病的患者，不能进行胃镜检查，如处于心肌梗死活动期或者有严重心律失常、重度心力衰竭等病症时都不能做这项检查。患有严重肺部疾病哮喘、呼吸衰竭不能平卧等症候的患者也不能做胃镜检查，因为这些患者很难配合检查。患有严重高血压、意识明显障碍或精神病不能合作，同样也不适合做胃镜检查。如发生了急性重症咽喉部疾病而导致胃镜不能顺利插入的患者，同样也不能做胃镜检查。目前处于腐蚀性食管损伤的急性期的患者，同样也不适合做胃镜检查，否则会导致病情加重。