导致肛瘘的原因是有很多的，首先就是肛周脓肿，肛周脓肿自行溃破或切开引流后造成。还有直肠肛门损伤，外伤、吞咽骨头、金属，肛门体温计，肛门镜检查等损伤肛管直肠，细菌侵入伤口即可引起。肛门裂反复感染，肛门裂反复感染可并发皮下瘘。会阴部手术，内痔注射误入肌层或手术后感染，产后会阴缝合后感染，前列腺、尿道手术后感染等，均可波及肛门直肠引起脓肿及瘘。