胃肠内窥镜检查是一种侵入性检查，需要将导管插入消化道，它的危害是多样的，针对肠镜检查来说，可能会导致消化道穿孔，因为肠道相对弯曲，一些肠管有病变，并且有许多溃疡，此外，由于医生缺乏经验，也可能导致消化道穿孔，也可能有咽喉损伤和下颌关节脱位，胃壁和十二指肠壁可能会穿孔，但发生率相对较低，然而，胃肠内窥镜检查有其禁忌症，主要包括患有严重心肺疾病、胃肠出血、休克或穿孔的患者，在决定是否可以进行检查之前需要由医生进行评估。