穿刺属于侵入性产前诊断，具有一定的风险。最常见的风险是堕胎。穿刺会引起腹痛，甚至阴道出血，加重腹痛。阴道出血可能导致流产，概率约为1/1000-1/2000。一些病人在穿刺后也会出现胎膜早破，这也可能导致流产或早产。此外，还有胎盘位于前壁的病人。羊膜穿刺术时，穿刺针会穿过胎盘，造成胎盘下血肿。严重病例可导致胎盘早剥，危及母婴生命安全。