中医治疗肛瘘常见的就是肛瘘挂线术，如果肛瘘的位置比较高，经过肛周的括约肌，为保护肛周括约肌的功能，防止肛门做完手术后，肛门功能不好，大便憋不住或者肛门变形，就可以用中医上的肛瘘挂线方法。通过线的钝性切割作用，从里往外边切割边长，能以最少的损伤把肛瘘治好。还有一种外治法，外治法就是用中药熏洗、坐浴、拔毒等，让肛瘘症状不再发作，甚至让部分症状能恢复。