卡氏肺孢子虫是同一种微生物。大约30年前它被归类为原生动物，1988年之后才被归类为真菌。因此，卡氏肺孢子虫肺炎是真菌性肺炎。此外，卡氏肺孢子虫主要侵袭免疫力低下的人群，如艾滋病患者的卡氏肺孢子虫肺炎。放疗、化疗后免疫力低下的患者，以及长期使用免疫抑制剂的骨髓移植、肾移植等移植患者免疫功能严重下降。这些病人容易患卡氏肺孢子虫肺炎。