目前治疗肾盂癌的经典手术方法是半输尿管切除，即在输尿管开口处切除受影响的肾脏和整个输尿管，包括膀胱的一部分，以防止肿瘤在剩余输尿管的复发。手术方法分为开腹手术、腹腔镜手术、机器人手术等。其中以腹腔镜肾根治术最为常见。患者腰部开三个小切口，经腹腔或腹膜后腔取出受累肾脏、输尿管及输尿管开口处膀胱部分。手术大约需要2-3小时。