大多数需要同残根、智齿、残冠和创伤性溃疡来进行相关鉴别。这些疾病在病发时候的症状大多数都会伴随着口腔内会有一些溃疡面，不能够分辨出病因，是最好到医院让专业医生进行诊断，否则使用的药物不对症，有可能会达不到治疗效果，还可能会使疾病越发严重。

口腔溃疡需要和口腔癌、结核性溃疡、小儿单纯疱疹、创伤性溃疡、坏死性涎腺化生等做一个鉴别。口腔溃疡疼痛明显，治愈快，可反复发作。口腔癌早期可无疼痛，长期不愈，可进行性迅速发展。结核性溃疡长期不愈，形态不规则，病理检查有结核性肉芽肿或者结核结节。小儿单纯疱疹初期为疱状，破溃后形成溃疡，可伴有乏力等的全身症状。创伤性溃疡一般有一个长期刺激的因素，去除后可痊愈。坏死性涎腺化生溃疡伸及骨面，边缘隆起，医院病理切片可诊断。