肺血栓的血栓一般是从肺部产生的，而是通过血液循环进入肺部的。大多数肺栓塞的血栓来自股深静脉、盆腔静脉。血管壁的局部损害、高凝状况和血液瘀滞是致使血管内凝血的三个要素。肺栓塞的发病机制由多见的获得性(继发性)风险要素和罕见的遗传性(原发性)风险要素造成。