无痛结肠镜检查的风险主要是由于在无痛结肠镜检查过程中缺乏知觉。病人不知道在肠镜手术中可能会出现肠穿孔，而且没有疼痛。此外，还有与心脏病有关的风险，特别是对于高血压、冠心病和心脏支架患者，不推荐使用无痛结肠镜检查。超过80岁的医生不会进行无痛结肠镜检查。无痛结肠镜检查的主要风险是肠道穿孔和心脏相关疾病。