膀胱结石术后并发症与患者的手术方法有关。微创手术在经尿道膀胱结石清除术后的并发症包括尿道损伤、肠损伤、感染等。其中，尿道损伤的几率较高，膀胱损伤的几率较小，肠道等膀胱器官的几率最小，如果做好充分的准备，感染的风险也较小。开放性手术术后并发症包括切口感染、尿漏等。