小儿发烧灌肠的危害是影响直肠微环境，直肠有一个固定的生理环境，如果长期或多次使用灌肠，会导致孩子的直肠黏膜、直肠pH值、直肠壁的分泌和吸收功能以及生理环境发生变化，对肠道造成损害。其次，肠道内细菌较多，可能随灌肠液进入肠道深处，造成污染。