肝内胆管结石和胆囊结石在患者需要手术时，常常一起切除。胆囊结石在手术过程中，会在肝内胆管结石存在的地区发生炎症变化，在切除纤维化和癌化肝组织的同时，也会切除胆囊。手术涉及开放手术、开腹手术甚至微创手术时，如果患者存在胆囊结石，大多数情况下都会切除胆囊，使患者不再接受手术，如果肝内胆管结石和胆囊结石并存，这两种手术会同时进行。