孕酮低白带褐色分泌物，很可能出现了先兆流产的情况所造成的，可以到医院检查一个孕酮值，如果出现了孕酮偏低的情况，可以通过注射黄体酮的方式来进行治疗，或者口服黄体酮胶囊来进行改善。怀孕早期的时候能够应用叶酸片，防止新生儿畸形发生。