肺脓肿的主要原因是厌氧菌，有时与需氧菌混合。临床常用的厌氧菌包括青霉素，克林霉素，甲硝唑等。青霉素联合甲硝唑或克林霉素常用。一些厌氧菌，如脆弱杆菌能产生β-内酰胺酶，因此青霉素，氨苄西林无效，需要酶抑制剂的药物，如美洛西林钠，舒巴坦钠，或头孢哌酮钠，舒巴坦钠。医院感染导致肺脓肿，多为需氧性疾病，出现耐药菌株。因此，在第二代，第三代头孢菌素中使用β-内酰胺类抗生素，必要时与氨基糖苷类合用，血源性肺脓肿的致病菌多为金黄色葡萄球菌，多为青霉素耐药。