克罗恩病的确切原因仍不清楚。目前，一些相关的影响因素已经为人所知，如饮食、细菌感染、自身免疫因素，还有一些人认为它也与创伤或心理因素有关，所以它是多种因素共同作用的结果。在这些因素中，目前认为克罗恩病可能与肠道菌群失调或某些细菌感染有关。它也与自身免疫密切相关。