更昔洛韦和阿昔洛韦的区别是比较小的，主要区别在于抗病毒的种类不一样，更昔洛韦主要是用于预防或者是治疗出现免疫功能缺陷患者的巨细胞病毒感染，阿昔洛韦主要是用于单纯的疱疹病毒感染。两者药物都是需要在医生的指导下进行对症治疗的，避免出现副作用。