肠套叠最重要的病因是：儿童的胃长度更长；并且，当病人在怀孕的期间，长期进行剧烈的健身运动，也是会很容易导致肠道内陷；一岁以内的孩子，肠道是还处于尚未完全固定的状态，若是此时进行大幅度的剧烈运动，便会发生肠套叠；当孩子使用了某些会对身体产生了刺激性的过敏反应的食物时，就会使肠道开始进行运动，从而出现肠套叠。