人乳头瘤病毒感染所造成的皮肤损伤，有一部分是会自行消除的，但大部分是无法自行消除。能够会自行消除的感染者大部分是因为身体免疫功能高。长期不能会自行消除的感染者必须使用药物治疗或免疫治疗，通常的治疗方法是根据感染的大小和持续时间制定相应的方案。例如寻常疣一般使用冷冻治疗，而尖锐湿疣使用冷冻再配合干扰素治疗。