梅克尔憩室的治疗是通过手术切除进行的，首先可以进行楔形切除术，完全切除憩室后，缝合基底和剩余的患病组织或异位组织。此外可以进行回肠吻合钉吻合术，主要针对有症状的患者。由于病变会引起肥大，水肿，回肠壁坏死或基底出血或穿孔，因此需要将大部分回肠切除并吻合。对于憩室底部狭窄的患者，可以使用腹腔镜微创手术。