咽扁桃体肥大会导致咽腔被阻塞，咽腔变窄，使患者在睡眠过程中容易受到呼吸道通气的限制，导致打鼾和窒息的症状。甚至可能导致患者的腺样体变等危险，大多数需要进行进行扁桃体切除术。扁桃体长期肥大，也容易残留食物残渣，容易形成扁桃体结石。扁桃体增生也增加了患者扁桃体炎的可能性，长期出现扁桃体炎可诱发肾炎，心肌炎等疾病。