肛门闭锁的原因尚不清楚，但可能与母亲怀孕期间的疾病有关。母亲在怀孕期间被细菌，病毒或其他疾病感染。病原菌还可通过胎盘屏障进入胎儿，引起胎儿感染，可能造成胎儿的发育停顿，从而出现肛门闭锁，所以怀孕的妇女要注意对自我防护，尽量避免生病、吃药。此病主要通过手术进行治疗。肛门闭锁是常见的先天性消化道畸形，女性多于男性。