造成腹泻的原因有很多，部分患者出现大肠炎、克隆病或肠结核等疾病，都会造成慢性腹泻。在出现腹泻情况以后，患者需要注意个人的饮食卫生，并且根据具体的病因来进行治疗，避免疾病的恶化。

导致慢性腹泻发生的原因，分非病理性原因和病理性原因。非病理性原因包括季节环境因素、不良饮食和胃动力不足引起的消化不良。而病理性因素包括一些全身性疾病，例如甲亢、糖尿病等等。另外，如果患上胃肠道疾病和肝胆胰腺疾病，都可能在不同程度上影响到正常消化功能，进而出现慢性腹泻的情况。

导致小儿发生慢性腹泻的原因主要是因为肠道菌群失衡，因为新生儿菌群尚未形成，如果在受到细菌、病菌和真菌等多种致病菌感染后，滥用抗生素的话，就容易引起慢性腹泻。另外，长期营养不良、乳糖不耐受和喂养不当的话，也容易造成小儿出现慢性腹泻的情况。

慢性腹泻的主要危害之一是会导致肠道菌群失调，可诱发真菌性肠炎、肠出血等多种大肠疾病，严重时可能会导致肠穿孔。同时会因为长期性腹泻而出现免疫力下降的情况，且会因此而发生继发性感染。除此之外，还会引起营养不良和肝肾功能异常。

慢性腹泻会引发的并发症之一就是感染，除了一般的感染之外，还包括真菌感染，甚至是全身性的真菌病。再就是会出现营养不良以及维生素缺乏症，这也是慢性腹泻常见的并发症之一。除此以外，慢性腹泻的并发症还包括病毒性心肌炎以及中毒性肝炎。