儿童生殖细胞肿瘤是恶性肿瘤，治疗方法包括外科手术，化学疗法和放射疗法。对于局灶性肿瘤和良性肿瘤，有良性畸胎瘤，手术治疗是主要治疗方法。对于不能通过手术完全切除的恶性生殖细胞肿瘤患儿，可以联合化疗，并大大改善预后。放射疗法在生殖细胞肿瘤治疗中的作用尚未确定。儿童生殖细胞肿瘤的预后极差。如果可以及早发现，则可以使用根治性手术辅助化疗。五年生存率可以达到30％到75％。