这两种疾病主要是临床上皮疹的分布，水泡性咽炎主要是口腔黏膜上出现黏膜皮疹，手足口病不仅会出现口腔黏膜上的皮疹，足，臀部，躯干和身体部位都可以出现皮疹。临床上可能有不典型的手足口病，只有口腔黏膜皮疹，或者只有皮疹没有口腔黏膜皮疹，只有口腔黏膜皮疹手足口病和疱疹性咽峡炎比较难鉴别。