大便可为未消化的稀便、黄绿色的粘液便、化脓性的血便，而且有腥味。一般新生儿伤寒可排出白色大便，而且可能是与胆总管及胆汁排泄障碍有关的。并且严重腹泻患儿是会迅速出现电解质紊乱以及酸中毒的，还可能有休克。此时的大便镜下可见大部分白细胞、红细胞。