沙眼衣原体感染不一定是慢性疾病。沙眼衣原体感染症状因感染部位而异。
第一，感染眼睛的部位，症状为眼睛干燥，轻微发痒，有异物感，症状可以自己缓解。部分患者害怕眼睛疼痛，伴眼睑结膜充血肿胀，伴有黏液或脓性分泌物。
第二，感染生殖器泌尿系统主要增加尿频、尿急、尿痛、尿道分泌物。男性也有排尿困难，女性也有可能伴有宫颈充血、黄色脓性分泌物等。