巴氏腺囊肿主要由于外阴的过度摩擦和局部细菌、病毒感染，导致巴氏腺管堵塞，巴氏腺分泌的液体无法迅速排出，形成囊肿。正常情况下，女性大阴唇的后部各有一个巴氏腺，分泌粘液的物体起到润滑外阴和阴道的作用，通常不能用手指接触该腺体。庭大腺损伤如分娩时会阴和阴道裂伤后瘢痕闭塞腺管，或经会阴侧切开术损伤腺管。前庭大腺囊肿的大小不一样，大多从小到大，也有可持续的。