药物治疗内盲瘘可能达不到根治的效果，容易出现反复发作的现象，所以建议通过手术进行治疗，在治疗原则上主要是减少括约肌损伤，消除肛瘘内口和相通的上皮化瘘管。手术的治疗能够降瘘管全部进行切开，而且能够将周围的瘢痕组织同时切除，在临床上常应用的手术方式有挂线疗法和肛瘘切开以及切除术。多数患者能够达到理想的效果，但是手术之后依然要做好预防工作，并且在术后要每日换药一次，防止伤口出现感染的现象。