胆管囊肿的手术方式有开腹手术和微创手术两种，其中胆管囊肿切除+胆肠内引流是首选方法。手术后主要存在以下问题：返流性胆管炎，由于胆管与肠道直接相通，一次手术可使胆道失去奥迪氏括约肌的通道功能；因为是腹部手术，还会出现肠粘连的情况。