最常用的药物是激光、电动刀或肛瘘栓子来填充内孔和瘘，并烧伤或腐蚀，进而促进肛瘘愈合。但是后期复发率相对比较高，所以在临床上也比较少用。因为在临床上治疗肛瘘主要是要清除内口以及瘘管，只有内口和瘘管清除干净之后，肛瘘才不容易复发，所以一般选择手术治疗来清除瘘管及内口。在术后选择红油膏纱条等药物进行换药处理，进而促进创面愈合，避免后期出现感染发炎，才能彻底的根治肛瘘。