肺孢子丝菌病以综合治疗为主，碘化钾为首选。成人可使用10%碘化钾溶液，每天3次或碘化钾饱和溶液，从10滴开始，每天3次，然后每天增加5滴，直到每40滴为止。病灶消失后，继续服用1个月，以避免复发。两性霉素b、酮康唑或氟康唑可用于碘过敏或无效患者。但应注意上述药物对肝肾及造血系统的损害。定期复查肝肾功能、血常规（造血系统）和电解质。