导致阴茎根部左侧疼痛的原因是比较多的，如果出现器质性的病变，或者是有尿道炎、尿道结石等尿道疾病，或者是出现精索静脉曲张等疾病时，都有可能会造成阴茎根部左侧出现疼痛。在阴茎部位出现异常时，最好能够及时到正规医院男科进行相关的检查，医生在做过详细检查以后，会根据不同的病因，使用对症的药物进行治疗。在治疗期间要避免进行性生活或者是过度的摩擦刺激，以免不利于恢复。